Într-o mănăstire de maici se petrece ceva teribil: un nou-născut este găsit mort. Pentru a decide soarta tinerei novice, Agnes, care a născut și pare că nu-și amintește nimic, instanța o trimite pe Martha Livingstone, psihiatră, să diagnosticheze sănătatea mintală a acesteia. Opțiunile novicei nu sunt multe: închisoarea, ospiciul sau achitarea. Între Miriam Ruth, stareța, și psihiatra Livingstone se naște un raport de rivalitate, fiecare dintre ele dorindu-și să o ajute pe novice, una prin terapie, cealaltă protejând-o prin iubire. Psihiatra vrea să o salveze pe Agnes, prin cufundarea în adâncurile psihicului, în apele subconștientului; Agnes aspiră să se salveze, înălțându-se neîncetat prin cântec, dizolvându-se în lumină. Punctul în care cele două se întâlnesc în cele din urmă, undeva între foarte adânc și tot mai sus, devine fatal.